幽灵行动阿尔法39剧情讲述了：这部影片仅有20分钟，可以说是一部微电影。据称为了这部影片，育碧公司为其投入了1亿美金，用于作为其游戏的前传进行宣传。剧中，4位幽灵小队成员，深入俄罗斯腹地，为了破坏一起武器交易，并同时刺杀其中的恐怖组织核心成员。行动按照原定计划，有条不紊地实施着。不过，当完成刺杀后在进行战场检查时，却发现这次的武器交易的武器是一套拥有极高杀伤能力的核弹头。而且弹头处于保险打开的状态，随时都可能被引爆。为了排除眼前的危机，幽灵小队临时决定在现场手动完成核弹头的拆卸工作。可是，拆卸工作并没有想象中的那么简单，由于需要破解发射程序，所以需要花费不少时间。这时，一对拥有高科技战斗装备的小队出现，一场恶战就此展开。