仙剑四第3集剧情讲述了：十九年前，琼华派利用望舒和羲和双剑网缚妖界，从中夺取灵力，引发人妖大战，双方伤亡惨重。琼华派弟子云天青和夙玉因对琼华派修仙理念产生分歧，离开琼华，来到青鸾峰生下一子云天河。没多久夙玉去世。年幼的云天河并不清楚父母的往事，父亲云天青也因病去世，只留他一人在山上长大。云天河（陈哲远 饰）邂逅闯入父母墓室的少女韩菱纱（鞠婧祎 饰），一同下山寻找父母的过去。半途又与另一女孩柳梦璃（毛晓慧 饰）相识。云天河为了了解父亲的过去，遂与韩菱纱、柳梦璃一同拜入昆虚琼华派成为门下弟子。琼华派让年纪相仿的慕容紫英（茅子俊 饰）教授他们，四人成为伙伴。随着他的身世渐渐被揭开，让原本惺惺相惜的四人陷入了深深的痛苦与迷茫，最终云天河携手挚友，走上逆天改命之救世之路的故事。